2005年到植物所工作至今，综合利用多种证据，开展兰科植物的综合分类、系统学和进化生物学研究，解决这些类群的分类混乱问题，包括吻兰族、鸟巢兰族、红门兰族、石豆兰族、槽舌兰属、中国羊耳蒜属、中国石斛属、铁皮石斛和霍山石斛复合体等；另外一方面，开展兰科植物欺骗性传粉起源和演化研究，提出了欺骗性传粉起源的新假说。
目前，对中国及其周边地区和国家进行了大量的野外工作，野外工作长达约80个月，工作区域覆盖了亚洲生物多样性主要热点地区，采集和参与采集了约40000份腊叶标本，拍摄了约20万幅数码照片；并与合作者一起发表了兰科植物1个新族、2个新属、60个新种和约100个新名称；发现中国维管植物2个新记录属、约50个新纪录种；编写4本专著。
1植物分类与系统学; 2传粉生物学。
国家重点研发计划
1. 兰科暖地杓兰的致危因子和种群监测技术，代表性珍稀濒危植物的保育和种群恢复技术子课题。
科技基础资源调查专项
2. 中草药毒性药材的基原调查, 中草药毒性药材的基原调查及中草药公共安全鉴定数据库项目课题。
国家自然科学基金青年、面上和国际合作项目
3. 亚洲兰科广义鸟巢兰属（Orchidaceae, Neottia s.l.）的综合分类学研究（2023-2026，面上）；
4. 兰科天麻属植物的线粒体基因组研究（2019-2022，面上）；
5. 亚洲兰科舌唇兰属的分类修订(2017-2020，面上)；
6. 亚洲兰科红门兰族属的界定研究(2015-20018，面上)；
7. 中国兰科石斛属的分类修订(2012-2015，面上)；
8. 亚洲兰科舌唇兰属的分类修订（2013-2014，国际
9. 中国兰科羊耳蒜属的分类修订（2007-2009，青年）。
中国科学院项目
10. 生命百科和在线中国植物志，中国科学院先导A专项（地球大数据科学工程）子课题（2018-2023）；
11. 中国外来入侵植物调查和防治研究，中国科学院STS项目；
12. 缅甸北部维管植物多样性调查和生物地理学研究，中国科学院地区性国际合作项目第一期（2016-2018）；
13. 缅甸北部维管植物多样性调查和生物地理学研究，中国科学院地区性国际合作项目第二期（2019-2021）；
14. 中国兰科石斛属石斛组的分类修订，中国科学院创新性项目；
15. 中国药用兰科植物濒危状况评估（2021-2023）。
院地合作项目
16. 西藏入侵植物历史分布和快速鉴定体系研究，地方政府项目子课题；
17. 滇西北生物多样性保护繁育(大理)中心可行性研究（2009-2010），地方政府项目；
18. 湖南南山国家公园植物多样性调查（2017-2019），地方政府项目；
19. 西藏林芝地区兰科植物调查和保护（2023-2025），地方政府项目。
国家林业和草原局项目
20. 云南省怒江和丽江地区兰科植物资源调查（2019-2020）。
以第一作者或通讯作者在Nature Communications、Cladistics、Molecular Ecology Resources、Journal of Biogeography、Molecular phylogenetics and evolution、Genome Biology and Evolution、BMC Plant Biology、Taxon、Botanical Journal of Linnean Society等SCI刊物发表过约90篇论文。
1. Hong Cai, Dong-Liang Lin, Chao Ye, Han-Chen Wang, Bo-Yun Yang* & Xiao-Hua Jin*. Neottia linzhiensis (Orchidaceae, Epidendroideae, Neottieae), a new species from Xizang, China. Phytotaxa 629 (2): 155–162. (林芝鸟巢兰，西藏兰科一新种)。
2. Feng Chen, Chi Xiong, Chang-Bing Zheng, Xiao-Hua Jin* & Hai He*. Cephalanthera yintiaolingensis (Orchidaceae, Epidendroidee, Neottieae), a new mycoheterotrophic orchid from Northeast Chongqing, China. Phytotaxa 626 (2): 119–125. （阴条山头蕊兰，中国重庆的一个菌类寄生的兰科新种）
3. Chao Ye, Jianwu Li, Huaizhen Tian, Dongliang Lin & Xiaohua Jin*. 2023. Kuhlhasseltia motuoensis (Orchidaceae, Orchidoideae, Cranichideae), a new species from Xizang, China. Phytotaxa 626 (2): 141–144. (西藏墨脱旗唇兰属一新种)
4. Qiang Liu*, Xun-Feng Wu, Shi-Shun Zhou, Jian-Wu Li & Xiao-Hua Jin*. 2023. New species and record of Gastrochilus (Orchidaceae, Aeridinae) from China and Laos. Phytotaxa. （中国和老挝盆距兰属新种和新记录种）
5. 金效华，周志华，袁良琛.2023. 国家重点保护野生植物. 湖北科学技术出版社.
6. Chao Ye, Huiyuan,Liu, Haining Qin, Jiangping Shu,Zhihua Zhou, Xiaohua Jin*. 2023. Geographical distribution and conservation strategy of national key protected wild plants of China. iScience 26, 107364. https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.107364.
7. Xiaohua Jin, Jianwu Li, Deping Ye. 2023. Altas of Chinese Native Orchids. Springer & Henan Science and Technology Press. 727 pages. (中国兰科植物彩色图鉴，英文版)
8. Xuelian Guo, Xiaodi Hu, Jianwu Li, Bingyi Shao, Yajun Wang, Long Wang, Kui Li, Dongliang Lin, Hanchen Wang, Zhiyuan Gao, Yuannian Jiao, Yingying Wen, Hongyu Ji, Chongbo Ma, Song Ge, Wenkai Jiang and Xiaohua Jin*. 2023. The Sapria himalayana genome provides new insights into the lifestyle of endoparasitic plants. BMC Biology 21:134. （寄生花的核基因组为内寄生生活研究提供新的洞察力）
9. Bing-Yi Shao, Mo-Zhu Wang, Si-Si Chen, Ji-Dong Ya and Xiao-Hua Jin*. 2023. Habitat-related plastome evolution in the mycoheterotrophic Neottia listeroides complex (Orchidaceae, Neottieae). BMC Plant Biology. 3:282（高山鸟巢兰复合的质体基因组进化与生长环境密切相关）
10. Chongbo Ma, Hanchen Wang, Tan Deng Pengchen Lin & Xiaohua Jin*.2023. A new species of Habenaria (Orchidaceae, Orchideae) from Qinghai Province China. Phytotaxa.583 (3): 260–268.（中国青海玉凤花属的一个新种）
11. Andre Schuiteman, Phillip Cribb, Peter Adams & Xiaohua Jin. 2022. (2894) Proposal to conserve Dendrobium officinale, nom. cons., against the additional name D. catenatum (Orchidaceae). TAXON 71 (3): 691–693.
12. Yan Jiang, Xiaodi Hu, Yuan Yuan, Xuelian Guo, Mark W. Chase, Song Ge, Jianwu Li, Jinlong Fu, Kui Li, Meng Hao, Yiming Wang, Yuannian Jiao, Wenkai Jiang & Xiaohua Jin*. 2022.The Gastrodia menghaiensis (Orchidaceae) genome provides new insights of orchid mycorrhizal interactions. BMC PLANT BIOLOGY. 22:179. （从基因组层次研究解析了兰科天麻属植物的适应机制）
13. Yingying Wen, Ying Qin, Bingyi Shao, Jianwu Li, Chongbo Ma, Yan Liu, Boyun Yang & Xiaohua Jin*. 2022. The extremely reduced, diverged and reconfigured plastomes of the largest mycoheterotrophic orchid lineage. BMC Plant Biology. 22:448. （开展了天麻属植物质体基因组研究，揭示天麻族植物质体基因组极度缩小、分化和重组）
14. Chao Ye, Tirtha Raj Pandey& Xiaohua Jin*.2022. Herminium gongshanense (Orchidaceae), a new species from China. Phytotaxa. 570 (1): 095–100. （贡山角盘兰，中国兰科一个新种）
15. Chong-Bo Ma, Xi-Long Wang, Wen-Shuai Chen, Zhen Liu, Xiao-Hua Jin*. 2022. Phalaenopsis medogensis (Orchidaceae, Epidendroideae, Vandeae), a new species from Xizang, China. PHYTOKEYS. 214:39-46.（墨脱蝴蝶兰，中国西藏兰科一个新种）
